东南亚古代农业的发展大概以容易种植的块根作物为主体，因为在热带气候条件下只需把切片埋入地下即可。芋头和山药至今仍以这种方式在整个东南亚种植，而且能用最少劳动获得丰厚产量。但迄今未能找到它们古代起源的有力证据，更不用说确定年代了。水稻大概也是在这个地区的某处最早获得人工培植，但证据同样不完整且令人困惑。一切有机物在湿热气候下迅速腐烂，在1000年的长时间里，除了石头、金属、也许还有些骨骼和火烧后偶尔留下的木炭碎屑，其他任何东西无法幸存。

现有的证据表明，大约到公元前8000年，或者可能与近东一样早，一个叫做和平文化的新石器时代晚期文化已经在现在的越南北部发展。这一文化留下的石制工具和其他遗存物说明，从野外采集到拥有永久性固定村落的原始农业的过渡已经完成，不过部分村落还要依靠甲壳类动物。对较晚的泰国北部遗址的了解较多，但同样由于潮湿地区有机物的腐败，年代确定仍极困难。目前对定居水稻农业的起始和首批青铜器估计的年代在公元前4500年到公元前2000年之间。少数几样得以认证的食品遗物究竟代表着采集品种抑或栽培品种，对此仍有争论，这其中就有以压痕形态出现在从最古老地层发掘出来的已变硬的粘土罐中的稻米。鸡和猪、青铜工具和武器等的遗存物，还有在一个遗址上发现的大墓地，都肯定是农业支持了数量如此巨大、技术如此先进的人群。

东南亚其他地方的遗址和与其关系密切的中国南部的遗址，有可能提供更坚实的证据。水稻农业在中国南部很多地方可能与东南亚任何地方一样古老。爪哇岛和邻近的苏门答腊岛（两地今均属印度尼西亚）部分地区的极肥沃火山土壤，有力地支撑了古代农业的起步。猪（不是那些分布更广的野猪）和鸡（最初的原鸡）都是东南亚大陆区土生土长的动物，也几乎肯定是在东南亚首先驯养成功。它们与同为原产东南亚并首先在东南亚驯养成功的水牛一道，从东南亚向西传到印度、美索不达米亚和欧洲，向北传到中国、朝鲜和日本。

其他证据显示，小米可能是东南亚第一种实际栽培的谷类作物。稻米可从野外采集，以补充在热带生长较易且产量较高的块根作物。小米不是本地的，而是从中国西北部或中亚引进的，因而只能由人工种植。作为一种旱地作物或类似小麦的干草原禾草作物，小米更适于种在高原或地势较高的地块而非洪泛区。这可能有助于解释迄今发现的东南亚最早的农业遗址何以都在这类地方。显然，一直要到公元前1000年前后，在可控灌溉技术获得发展、洪水受到防范以及水稻上升为最优势作物后，农民才开始越来越多地占据并日益集中在较低的河谷和三角洲。从那以后，这些地方已成为主要农业区。早先，水稻可能曾经侵入块根作物栽培地但被视为杂草，后来认识了它的潜力才加以栽培。而此前，块根作物芋头大概在整个农业中占优势，因为它是一种喜水作物，在那些每个雨季都形成积水浅坑洼的高地最先栽培成功。

有关性别在史前时代的作用的证据非常少。在季风亚洲，同其他地方一样，社会看来也是从母权制开始的，仅当物质福利比较普遍，肉体力量起重要作用的情况下，它才被父权制取代（东南亚除外）。妇女看来是农业劳动的先驱，播种和田间管理都靠她们，男人则出外狩猎和采集。在东南亚，原始母权制模式一直保留到今天

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