六道佩恩侵袭木叶故事用讲故事的形式复述，从佩恩来木叶门前开始

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你自己去看看不就知道了！
再次寻找佐助的踪影失败后，回到木叶，却惊闻自来也被佩恩杀害的恶噩。为此曾一度悲伤的他，因为伊鲁卡老师和鹿丸的鼓励，而再度重新振作起来，并协助解开自来也临终前留下的暗号；可惜的是仍然没有头绪。为了替自来也报仇，他决定接受深作大人的提议，前往自来也曾修行的妙木山，作艰苦的“仙术”训练。训练期间，鸣人险变青蛙，幸得深作大人用术阻止，不过呜人却整身是伤。经过一番修行，鸣人总算是基本掌握了自然力量，故深作大人建议转为不用蛤蟆油的练习，同时也给了鸣人自来也的遗作──《毅力忍传》。
鸣人基本掌握了深作所授的“蛙组手”，及能在静止的状态下吸收自然力量，控制仙术查克拉。此时深作告诫鸣人有关仙人模式的缺点，就是只能维持5分钟左右；而且每一次使用前，需经一段时间、在静止的状态下吸取足够的自然力量方可。可是这样就很容易成为敌人的靶子，因此使用时必须有其他伙伴在旁边提供增援，以为其争取充裕的时间吸收自然力量。但深作认为最有效的方法，就是与鸣人融为一体，分担“动”和“静”两边的工作，不过，由于受到九尾的阻挠，融合并未成功（事后九尾承认是由于对鸣人拥有了自己的查克拉，还要去和蛤蟆混在一起学习仙术不满而故意阻挠）。 另一边，佩恩袭击了木叶，身为五代火影的纲手，只能祈求鸣人这位“预言之子”的回归。天道佩恩由于得知鸣人在妙木山修行，继续攻击毫无意义，便用神罗天征摧毁了整个木叶村，好在纲手及其蛞蝓保护了大家。还未完成修炼的鸣人等被志麻仙人通灵回满目疮痍的木叶村，六道佩恩齐聚准备捕捉九尾，鸣人从纲手那得知卡卡西死讯后，让其他人不要帮忙，单挑六道。鸣人用仙人模式加上新术仙法·风遁·螺旋手里剑，且在两位仙人的帮助下本是压倒性优势。但由于佩恩实力强大，终费劲艰辛才打败五个佩恩，只剩下天道尚存。深作仙人被天道杀死，鸣人的仙人模式也解除，无法逆转之下被天道擒获。天道试图摧毁鸣人的意志，一番谈话下，鸣人不置可否。后雏田为救鸣人成为英雄而出被天道打败，鸣人误以雏田死亡，愤怒之下爆发九尾之力，现出八条尾巴，被天道用地爆天星困住。在被九尾怂恿之下准备揭开封印之时，16年前波风水门封印的查克拉出现，阻止了他，鸣人才得知自己的身世，四代与鸣人交谈后重新封印九尾，并消失。鸣人脱离地爆天星的束缚，以仙人模式再战天道，一番努力后终于打败天道并用逆向探查找到佩恩本体——漩涡长门。[26]与鸣人的交谈中，长门被鸣人感化。放弃和带土原定计划，决定将接力棒交到鸣人手中。期盼鸣人能够完成几代人的使命......长门也因施展外道·轮回天生之术耗尽生命力而死。鸣人送走小南回到木叶成为木叶村的英雄。
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