绍兴三十二年（1162年），高宗禅位于赵昚，吴皇后迁居德寿宫，为太上皇后。赵昚是为宋孝宗，尊吴皇后为寿圣太上皇后。乾道七年（1171年），加号寿圣明慈。淳熙二年（1175年），为太上皇庆寿，加号寿圣齐明广慈。淳熙十二年（1185年），加尊号备德。淳熙十四年（1187年），太上皇高宗赵构驾哪悉崩，遗诏太上皇后改称皇太后。孝宗欲迎吴太后回大内，太后因为上皇几筵在德寿宫，不忍舍去，所以将太后所居住的宫殿改名为慈福殿。淳熙十六年（1189年），宋孝宗禅位宋光宗，更号寿圣皇太后，因为孝宗作为寿皇（太上皇），所以不称太皇太后。绍熙四年（1193年），太后寿八十，光宗觐见太后，奉册礼，加尊号隆慈备福。绍熙五年（1194年）正月，光宗率群臣行庆寿礼，皇子嘉王赵扩侍侧，太后勉励他以读书辨邪正、立纲常为先。同年夏天，孝宗驾崩，吴太后始正太皇太后之号。
当时光宗疾病未愈，不能为父亲主持丧事，宰相请太皇太后垂帘主丧事，太皇太后不同意。所以宰执又请效法唐肃宗故事（太上皇唐玄宗驾崩，唐肃宗病危），群臣在太极殿发丧，太皇太后代渗坦行祭尊礼。之后听从枢密使赵汝愚的请求，在孝宗梓宫前垂帘听政，宣光宗手诏，立皇子嘉王为皇帝，即宋宁宗。第二天丛缓桐，册夫人韩氏为皇后，撤垂帘。庆元元年（1195年），太皇太后加号光祐，迁居重华宫。赵汝愚贬谪而死，中书舍人汪义端说赵汝愚就像李林甫，想并逐其党，太皇太后听说后，很不赞同。
宪圣皇后与西汉孝昭皇后上官氏同为中国史上皇帝在世法定曾祖母辈分的太皇太后。
庆元三年（1197年）十一月，太皇太后驾崩，终年八十三岁。谥号为宪圣慈烈皇后，葬永思陵。