崇圣寺三塔始建于南诏王劝丰祐时期（公元824—859年），先建了大塔“千寻塔”，高69.13米，是座方形密檐式砖塔，共16层。稍后又建了南、北小塔，均高42.19米，是一对八角形的砖塔，都是10级。修建三塔，除了佛家所宣扬的可以成佛外，还有一个重要的原因，是大理古为“泽国多水患”。古籍《金石萃编》中记载：“世传龙性敬塔而畏鹏，大理旧为龙泽，故为此镇之。”相传古时修建三塔，采用垫一层土修一层塔的方法，塔修好以后，才将土逐层挖去，让塔显现出来，故有“堆土建塔”与“挖土现塔”之说。建塔时所搭的桥，高如山丘，长达10余里。修塔时运力不足，还用山羊来驮砖，如今大理的银桥村，古时称为“塔桥村”。古籍记载修三塔，“役工匠七百七十万，耗四万余金，历时八年建成”。修建三塔后，又建了规模弘大的崇圣寺。
三塔的具体始建年代，历来记载不一，大体上有：①唐贞观（627至649年）尉迟敬德造；②唐开元元年（713）恭韬、徽义造；③南诏王劝丰祐保和十年至天启元年（唐太和七年至开成五年，833至840）圣僧李贤者等造；④保和十年至天启九年（唐太和七年至大中二年，833至848）博士徐正等造。根据内地同类古塔的建筑年代，云南应稍晚，再与原崇圣寺和中塔内的有关文物及记载相参证，中塔似应建于南诏王劝丰祐时（824至859年在位）最为可能，而两小塔则较中塔为晚，至迟。建于大理国初期，即先建中塔，尔后再增建两小塔 。
据《南诏野史》（胡本、王本）、《白古通记》等史籍记载，当时崇圣寺与主塔建造时，寺基方7里，圣僧李成眉贤者建三塔，屋890，佛11400，铜40590斤，费工7080****余，耗金银布帛绫罗锦缎值金43514斤 。
元武宗时曾“降圣旨”封释觉性为住持僧，保护寺产，免征粮税。元代亦曾加以维修，使得“殿庑焕然复兴，三塔峙立，金碧交辉，巨丽与山埒（相等）”。
明代，李元阳重修，亦有“三阁、七楼、九殿、百厦”。当时寺中有五宝：三塔、巨钟、雨铜观音、证道歌碑和佛都匾。
至徐霞客到大理时，仍见崇圣寺前“三塔鼎立，诺四旁皆高松参天。其西由山门而入，有钟楼与三塔相对，势极雄壮”，楼后为正殿，正殿后为“雨珠观音殿，乃立像，铸铜而成者，高三丈”（《徐霞客游记·滇游日记八》）。据说，寺中的鸿钟，为“建极十二年”（公元871年）造，“径可丈余，而厚及尺”，“其声闻可八十里”。
明正德九年（公元1514年）大地震，千寻塔“裂二尺许，形如破竹”，后“旬日复合”。
1925年地震，塔顶震落，残破益重。建国后政府对三塔保护十分重视，1978年对其进行了大规模维修 。