山东省合作社事业是在抗日根据地创建的，并逐步得到发展壮大。1950年，山东省政府成立省合作总社，1951年改为合作事业管理局，负责全省供销合作社、消费合作社、渔业合作社、信用合作社和手工业合作社的行政领导工作。1955年，改名为山东省供销合作社。1956年，全省供销社召开第一次社员代表大会，制定通过了《山东省供销合作社章程》。之后，先后经历了供销社与商业的两分两合（1958年分、1961年合，1970年分、1975年合），在其间及随后几年内，手工业、渔业、城市消费、信用合作社（1957年）以及农机（1978年）、丝绸（1981年）、烟草（1982年）等行业陆续脱离供销社。
1982年，中共中央批转《全国农村工作会议纪要》，提出恢复和加强供销社“三性”（组织上的群众性、管理上的民主性、经营上的灵活性），加快推进供销社体制改革。1984年，根据省委、省政府的总体部署，山东省、市、县供销社从机构设置上陆续退出政府序列，机关经费转为自筹，但职能和地位不变。1988年，全省供销社召开第二次社员代表大会，更名为山东省供销合作社联合社，制定通过了《山东省供销合作社联合社章程》。1992年，经省政府批准，组建山东省供销社集团总公司，与省供销社合署办公（一套机构、两块牌子），成为集行政管理与经济实体于一体的综合管理经营机构。
1995年2月，党中央、国务院作出了《关于深化供销合作社改革的决定》（中发[1995]5号）精神，明确了供销社的性质、宗旨、地位和作用，并决定恢复成立中华全国供销合作总社。同年，山东省委、省政府下发了《关于继续深化供销合作社改革的通知》（鲁发[1995] 19号），提出了支持供销社改革发展的若干政策措施。1996年初，全省供销社召开第三次社员代表大会，重新修订了《山东省供销合作社联合社章程》。1999年，按照《山东省人民政府关于调整和完善盐业经营管理体制的通知》（鲁政发[1999]70号）规定，全省供销社盐业专营权整体移交省盐务局。2000年，根据国务院《关于解决当前供销合作社改革几个突出问题的通知》（国发[1999]5号）精神，山东省政府办公厅下发《关于供销社改革中的几个问题的通知》（鲁政办发[2000] 14号），明确市以上供销社机关经费纳入财政预算。2001年，山东省机构编制委员会以鲁编[2001]32号文件对省供销社机构编制作了重新调整，明确为全额预算管理事业编制，并批准机关工作人员依照公务员管理。2003年，山东省政府转发《省经贸委等部门关于供销社与棉花企业分开的实施办法的通知》（鲁政办发[2003]16号），明确提出县级供销社机关经费纳入同级财政预算管理。2007年，山东省委组织部、人事厅批准省供销社机关工作人员参照公务员法管理，随后又先后批准17个市供销社和86个县级供销社机关参照公务员法管理。2007年9月，山东省政府下发《关于加快供销社改革发展服务社会主义新农村建设的意见》（鲁政发〔2007〕64号），并在日照市召开全省供销社改革发展工作会议，要求全省供销社创新经营服务方式，建设农村现代流通服务网络、农村社区服务中心和农村合作经济服务体系，搭建为农服务的“一个网络、两个平台”，全面构建农村新型经营服务体系，标志着山东省供销社进入新的发展阶段。