曲是白酒酿造的糖化发酵剂，大曲的品质直接影响白酒出酒率与酒体风味。大曲属于开放式自然制曲，网罗环境中多种微生物富集培养而成，各类微生物代谢产生酶类与风味前体物质，共同奠定大曲酒独特风格。大曲内微生物组成复杂，主要包含酵母菌、霉菌、细菌及少量放线菌，不同菌种各司其职，部分菌种起到糖化、发酵、生香的正向作用，过量杂菌则会破坏曲块质量。下文分类阐述大曲中主要微生物种类及其在酿酒过程中的作用。

大曲的微生物主要有四类，即酵母菌、霉菌、细菌、放线菌，但放线菌为数不多，且在大曲中的作用尚不十分明显，在此不详述。

1. 酵母菌

大曲中的酵母菌有酒精酵母、产酯酵母、假丝酵母等。

（1）酒精酵母。酒精酵母是大曲的主要酵母，酒精生成能力强。酒精酵母与其他酵母相比，其数量不算多，但在酿酒上是必不可少的，而且对大曲、大曲酒的质量起着决定性的作用。

（2）产酯酵母。产酯酵母能以糖、醛、有机酸、盐类等作为养料，在酯酶作用下将乙酸与乙醇结合成乙酸乙酯或其他酸酯，所以又把它称为生香酵母。正因为其主要作用是酸醇结合而产生酯，所以该酵母的发酵力不强。但其生活习性和所需的生长环境却同酒精酵母。

（3）假丝酵母。很多种假丝酵母都具有酒精发酵能力。

2. 霉菌

（1）曲霉。曲霉作用于大曲后可形成糖化力、液化力、蛋白质分解力和形成多种有机酸。曲霉中的黑曲霉具有多种活力较强的酶系，并可产生少量酒精。

（2）根霉。大曲中的根霉实际上以米根霉为主。米根霉除了具有较强的糖化力外，还兼有一定的发酵力。另外还可以产生相当量的乳酸。

（3）毛霉。毛霉主要着生于大曲培养的 “低温培菌” 期，特别是温高湿大时，两个曲块相靠，更易生长。生产上，长 “水毛” 的大多数就是毛霉。在大曲的微生物区分中，属于感染菌，也可以说是有害菌。毛霉有一定的糖化力，蛋白质分解力较强。

（4）青霉。青霉在大曲或酿酒生产上完全属于有害菌，它对大曲中其他有益微生物具有极大的抑制力。

（5）红曲霉。红曲霉有较强的糖化力，特别是它可利用糖、酸为碳源，产生淀粉酶、麦芽糖酶、蛋白酶、柠檬酸、琥珀酸、乙酸等。大曲中心所呈现的红、黄色素就是红曲霉作用的结果。

（6）犁头霉。任何一种大曲都含有犁头霉，尽管作用不大或是有害，但其数量是大曲中最多的。由于其分布广以及环境适应性强，所以几乎无处不有，是无法避免的。大曲中如这种菌太多，则对曲质不利，因其糖化力、液化力均不高。

3. 细菌

（1）乳酸菌。乳酸细菌和醋酸菌一样，在一般白酒生产中均作为主要有害菌，而在大曲中存在少量的此类菌，对大曲酒中酯的形成是有利的。然而，由于乳酸所呈现的味是馊、酸、涩等，特别是乳酸酯在量大时又呈青草味，因此，在酿酒中大量的乳酸菌带来的危害就较大。

（2）醋杆菌。它的作用主要是氧化葡萄糖生成醋酸和少量酒精。醋酸的功过取决于其含量的大小。在一定量时，它是醇合成酯的必要成分；但当其量大时，不但会使酒味变异，更主要的是它会抑制酵母菌的生长和作用。

（3）枯草芽孢杆菌。枯草芽孢杆菌具有分解蛋白质和水解淀粉的能力，它是生成酒体的芳香类物质如双乙酰等的菌源，所以是大曲中不可缺少的细菌，也是大曲细菌中数量最多的一种。