您好，感谢邀请。
1）关于行程
您的行程总体不错，个别地方稍加调整一下会更完美。
D2：顺序调整为南京博物院—总统府—东南大学四牌楼校区，南师大随园校区毗邻先锋书店五台山店，所以调整到D4下午或D5的上午。另外，南博内可以看的地方比较多，如果细细品味至少要花4个小时以上，所以东大也可和鸡鸣寺那天放在一天，两者只有一站路距离，可以通过公交304路衔接。
D3：这天的行程均在钟山风景名胜区内，主要景点都有内部交通衔接。建议中山陵、明孝陵和灵谷寺三选二，音乐台和美龄宫均与中山陵靠的不远，美龄宫很推荐。
D4：行程顺序调整为：鸡鸣寺—玄武湖—狮子桥美食街。如果感兴趣，还可以在鸡鸣寺游览完登上台城，然后再从旁边的解放门进入玄武湖。游览至玄武湖的正门—玄武门，然后步行至狮子桥美食街。

2）推荐酒店：
A金太隆国际酒店：
靠近地铁二号线大行宫站和一号线新街口站，楼下就有好几家餐饮，包括对面的全民健身中心内和旁边的游府西街内也有。在酒店对面就是公交站台，很是方便。酒店距离新街口、总统府等都只有一站路。附近有家乐福超市。酒店环境很好，价位一般在300元左右每晚。
B古南都明基酒店：
距离玄武湖景区正门只有几百米，门口有地铁一号线和多路公交，位置在玄武湖公园和狮子桥美食街之间，对面有金茂汇，内有南京大牌档等多家餐饮和小吃供您选择，金茂汇负一楼有北京华联的BHG超市。酒店隶属于历史悠久的古南都集团，各方面都还不错。价位在250元左右每晚。
C南京新纪元大酒店：距离南京大学鼓楼校区700米左右，位于地铁一号线珠江路站和鼓楼站之间（靠珠江路站貌似更近一点）。酒店外卖部的糕点和熟食都很好吃。附近的丹凤街有金润发超市和很多小吃。靠近紫峰大厦、江苏广电荔枝广场、金鹰天地等，购物和餐饮配套集全。门口步行5分钟有多路公交，交通便捷。价位在230元左右。

南京的酒店众多且各种类型和档次的都有，推荐三个供您参考，一般靠近地铁的都比较方便。如果还有问题欢迎随时再交流。

3）南博或总统府至东南大学四牌楼校区及南京师范大学随园校区的交通：
公交201路至中山门站（南博）、总统府站（总统府）、四牌楼站（东南大学四牌楼校区）；如果到南师，在总统府换乘公交3路南阴阳营即可。

4）推荐其他南京有代表性的景区
A明城墙：正在联合其他城市的古城墙申遗中，春节期间，各主要城墙上都悬挂了春联，很是喜庆
B颐和路：南京最美的民国路
C滨江风光带：中山码头附近，靠近狮子山阅江楼景区
D爱国主义教育基地：侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆和雨花台烈士陵园

5）推荐南京的旧书店和旧书市：
杨公井的古籍书店，原址是老的中华书局。
南大宿舍区附近的广州路上有一两家旧书店，不知道现在还在不在。以前朝天宫附近有，现在好像也迁走了。另外南京有24小时开放的南书房，只是春节期间要休息一段时间，不知您是什么时候来南京？还有位于武定门城墙内的书店—金陵书院，很有特色！

6）推荐每天行程中的特色小吃餐饮：
D1：莲湖糕团店、永和园、奇芳阁
D2：总统府附近的1912历史文化街区（中高档餐饮为主）和科巷文昌巷内的鸿福面、福印板栗、酥烧饼等
D3：紫岚里街区的奶酪时光、苜蓿园地铁站旁的南京大牌档、中山陵青年旅馆的附属餐厅
D4：狮子桥的天尝里脊、鸡鸣汤包、韩复兴、小熊糖葫芦
D5：南师大对面的金良酸菜鱼和吴家生煎包

希望可以帮到您。如果还有什么问题，欢迎随时追问。
祝您南京之旅开心！