新疆棉花品种用三个字来形容：多、乱、杂，目前新疆有全国各省区的棉花品种，还有新疆本土选育的棉花品种，大体上可分为几个系列：

1)鲁棉品种

鲁棉系列品种是由山东省棉花研究中心育成，大部分品种属中熟陆地棉品种。丰产性好，纤维品质符合纺织工业要求，对棉铃虫也有一定的抗性。在黄萎病轻的年份或田块种植具有一定的增产潜力，目前鲁棉系列品种的纤维品质及丰产性优点较为突出，抗病性属中等，一般品种在轻病田或无病田有较好表现，但重病田相对表现要弱。常规棉品种如鲁棉研21、鲁棉研28、鲁棉研35等都有很大面积的推广种植。杂交棉品种如鲁棉研15、鲁棉研24等。

2) 冀棉品种

冀棉系列品种大部分由河北省农林科学院棉花研究所选育，属转抗虫基因中熟陆地棉。一般品种茎杆粗壮，茸毛多，叶片中等大小，叶色深，苞叶大。特点是抗病性相对鲁棉系列品种要强，但冀棉系列品种大部分衣分不高。适合在中等病田种植，但需经过小面积试种检验不同枯、黄萎病生理小种对棉种的影响情况。这几年种植的冀棉品种如：冀棉168、冀棉169、冀棉616等。杂交棉有硕杂棉系列、冀杂系列等品种。

3)新疆棉品种

新疆棉花品种分为新陆早系列和新陆中系列。

新陆早系列是新疆陆地棉早熟系列，这些棉花品种前几年大部分由新疆农业科学院经作所、石河子农垦科学院、石河子农科院、下试站、七师农科所、五师农科所等，近几年有些品种由企业参与选育，品种选育速度大大加快，新疆北疆适合种植的棉花品种被命名为新陆早系列及新疆陆地棉早熟地区种植品种。新陆早系列品种特点为早熟、丰产、品质优，抗病性偏低，不抗虫。适于西北内陆棉区种植，如有些品种也适合甘肃酒泉等特早熟棉区。

新陆中系列：新疆陆地棉中熟系列品种一般由新疆农科院经作所、巴州农科院等选育，这两年也有些企业参与品种审定，最近两年也出了些品种，属中熟陆地棉品种。品种的突出特点二式果枝较多，抗病性、丰产性普遍强于新陆早系列，品种不同果枝夹角略有不同，一般铃中等，生育期在135天以上，适合南疆积温条件好的地区种植。

4)“中”字号棉花品种

“中”字号棉花品种是中国农科院棉花所育成的适合我国不同棉区和不同耕作制度需要的系列棉花品种。中棉所品种在新疆以中熟陆地棉品种较多。中棉所早熟品种一般在内地用于麦棉间作套种的棉花品种，具有抗棉铃虫，丰产性、衣分较高等特点。

另外，前年还有湘杂棉系列、皖杂棉系列、鄂杂棉系列等，但由于适应性等原因推广面积都不大。

从近十年来新疆各主产棉区棉花品种，可以看出当前及今后一段时间棉花育种将呈现如下特点和趋势：第一，育种速度加快，品种更新换代周期缩短。第二，品种类型增多。为满足多种种植模式的需要，由中熟发展到早熟、中早熟、特早熟。随着棉花生产的发展，由单一常规棉发展到杂交棉、抗虫棉、抗旱棉、抗草棉等多类型并举。第三，品种的抗病性由单抗向兼抗、多抗发展。目前抗枯萎病的品种较多，抗黄萎病的品种较少且抗性偏低。随着当今黄萎病在新疆各棉区的日趋加重和蔓延，抗黄萎育种仍是下一时期的努力方向。第四，育种目标由追求产量与品质的同步提高转向稳高产、优质、抗病、抗虫、抗逆等综合性状的普遍提高和改良。第五，适应机采棉品种育种将是今后一段时期的主攻方向。