日本国土比较狭长，从南到北温差其实也算蛮大的，我在不同季节都去过日本，除了北海道东北那边，像冲绳岛、九州（例如福冈、长崎、别府、由布院、鹿儿岛、熊本）、本州地区（例如东京、大阪、京都、奈良、神户）、四国地区（例如高松、松山、濑户内海各个小岛以及山阴山阳的冈山鸟取那边）可能都会面临阴雨状态，就连东北北海道那边都很有可能会下雨，所以端午节去日本，从方便的角度上来说，不是一个好的选择，除非你非常的喜欢下雨天在古都、街道等地漫步，像我有个朋友就是，最爱下雨的时候走在日本街头小巷，虽然我是无法理解这份心情，但是我也将她归结为浪漫哒文艺小青年吧。这个时候本州等地的雨水较九十月份的雨水的好处就在于，通常都是绵绵细雨，没什么台风，我最怕九十月份那种雨了，有时候都能将雨伞吹坏。

今年端午在五月末，有别于五月初的日本各种假期，这个时候住宿相对好订很多，例如我今年五月底也要去日本东北的仙台，朋友是五月初过去，她订住宿就比我困难很多，价格也要贵出近一倍来。至于国内过去的人流，应该都是差不多的，机票价格也会差不多，以我往年的经验来看，差别不大。

相比春天去日本看樱花、夏天去日本看海看各种夏日祭、秋田去日本看银杏红叶、冬天去日本轻井泽高山北海道等地看雪，端午期间的日本景色确实没有那么出名，但是有紫阳花啊，也就是我们常说的绣球花，紫藤花五月下旬应该是没有了，所以通常就是看绣球花的时候，在九州、四国、本州等地都有很多地方可以看绣球花，例如四国地区高知县四万十川那边的安並水車の里 、本州地区镰仓古都等等，都是绣球花胜地。

我不清楚你的出发地是哪里，如果不是上海，去四国、山阴山阳等地相对都会比较麻烦，很多地方去九州地区的飞机也不多，考虑到日本国内的交通也是蛮贵的，你出发的城市若是以飞东京大阪的航班居多的话，推荐你去东京吧，游乐场有迪斯尼、富士急乐园等等，温泉可以考虑伊豆、鬼怒川、箱根、河口湖等等，购物就不用说了东京算是日本乃至亚洲最繁华的购物圣地了，古建古都可以去日光、镰仓等地，镰仓的明月院更是紫阳花圣地，我去仙台的时候因为是东京往返的，所以我今年也依然会去一下镰仓看紫阳花，镰仓还是很好的一个地方的，我每次去东京都会去一次，很近。
东京去轻井泽也很方便，今年的《四重奏》热播之后相信去轻井泽的游客会更多了，东京坐新干线过去一个多小时，很多日本人也会选择夏天去轻井泽避暑。