由于地域关系和历史原因，闽南端午习俗在延续中华民族传统习俗的同时，也保留了各自独特的民风习俗，形成了形态各异、丰富多彩的民俗活动。
福建省民俗学会常务副会长石奕龙教授说，闽南过端午共同的习俗有三类：一类是驱毒、驱虫、避邪类，如端午节午时用兰草水洗浴、炒盐作为午时盐、采草药作为午时茶；一类是吃碱粽子、发糕等端午仪式食品；一类是划龙舟，兼有中原文化和海洋文化的特点。
闽南各地还有各自独特的端午习俗。据介绍，泉州端午节有很多祈福消灾习俗，包括门楣插“五瑞”（即五种植物）、小孩胸佩香袋、泡雄黄酒、炒午时盐等。另外还有一种谐趣的驱邪消灾的习俗叫“采莲”，采莲队伍中有铺兵、锣鼓阵、花童或男扮女装的提花婆，由一位扮相邋遢不堪、手举长杆幡旗的“醉汉”充当前导，最后由四人抬着一具木雕龙头压阵，为沿途的民众入室舞旗拂扫。
漳州市诏安县数百年来走“贡王”的民俗为当地乡亲喜闻乐见。每逢端午节，当地乡人分别从两庙中抬沈世纪、李伯瑶二将的神像出行，环绕北关游街时，由庙宇灯笼前导，刀斧戈戟罗列双行，社众排队随后，齐唱原名龙船鼓歌的“贡王歌”，十分热闹。清代进士黄开泰有一首《端阳走贡王竹枝词》记其盛况：“满城竞唱贡王歌，结队游街鼓伴锣。端午舁神因底事？开漳英烈绩难磨。”
厦门市的端午习俗也热闹非凡，据清道光年间的《厦门志》记载：“五月五日，端午悬蒲、艾、榕枝于门，粘符制采胜及粽相馈遗。竞渡于海滨……或十余日乃止。”另外，端午期间，厦门还有民间传统竞技活动“抓鸭子”，竞技场设在水面上，参加者要走过一根涂满滑油的圆木柱，然后打开一只盛鸭子的木箱，再跳进水里去抓掉下去的鸭子。